被沖田總司帶回新選組以後，山南敬助始終保持沉默，在面對近藤勇和土方歲三的時候也如此。

新選組的局中法度之一，就是不可以擅自脫離組織，毫無疑問，違反了局中法度的山南敬助，結局隻有切腹。終于山南敬助不再沉默，他開口說：“我希望總司幫我介錯。”

以往沖田總司和山南敬助之間的關系比較好，在聽到山南敬助的請求以後，他并沒有表現出多少悲傷的情緒，可能是因為和山南敬助的交情相比，維護新選組的局中法度更為重要。

由于山南敬助在新選組内部很有人緣，是人人敬仰的“山南先生”，所以很多人不希望山南敬助切腹，甚至找到近藤勇求情。但是土方歲三沒有對山南敬助網開一面，他必須堅持局中法度，否則局中法度會變成無意義的廢紙。

屋子内部隻有山南敬助和沖田總司。沖田總司拿出自己的武器，問山南敬助：“山南先生，你有什麼遺言嗎？”

剛想說自己沒有什麼遺言，卻突然想到某些事情，所以山南敬助沒有感情色彩地回應：“早知如此，我應該提前動手，殺了南明的虎親王。”

沖田總司知道山南敬助和朱永安沒有多少交集，因此沖田總司感到震驚，下意識地追問：“為什麼？”

山南敬助并不想對沖田總司解釋，他利落地解開自己的上衣：“沒有為什麼，準備動手吧，總司。”

事已至此，沖田總司知道山南敬助去意已決，所以不再追問，而是拔出自己的武器。

沒想到山南敬助脫逃失敗，伊東甲子太郎最開始有些莫名其妙的恐懼，害怕山南敬助切腹之前把自己給供出來，結果伊東甲子太郎的擔心是多餘的。山南敬助切腹以後，新選組再無總長。