v3太空站檢測到來自外星球的侵略者，于是飛鷹号投入到了保護地球得行列中，可是飛船卻被偷襲，而外星人的飛船落在了地球上，古橋和索佳一直跟随着前段時間失蹤過的飛鷹号。可是卻被複制了，複制品徑直進了燃料室，但卻被阻止了，而雲铮為了救出天城變身了并且進入了飛船，可是那飛船裡居然出現了怪獸，雲山奧特曼那怪獸進行戰鬥的同時救回了索佳和古橋，之後便直接運用各種技能将怪獸消滅。

而就在此時神戶出現了一個老外，可是不久這個港口就引發了大火，而遊客也一個勁的出事。而培單星因為地球向其發射探測彈，而安德森也被團保護着去了防衛中心，安德森剛一得知有潛艇要來，潛艇就出事了，這讓雲铮對其産生了高度懷疑，後來見到特工并證實了雲铮的想法，而金古橋居然出現了，于是雲铮随手放了一個奧特屏障來保護大家，随後便加入了戰鬥，而團随後也變身了，并且加入了戰鬥，可是金古橋逃跑了，這時安德森出現了，并且團和安德森二人達成了協定，他們也放回了真的安德森，但是卻對地球展開了攻擊，還想要統治地球，而索佳聽說電梯裡有人便跑回了房子，團和雲铮也抽這個空子變身了，雲山通過各種方式和賽文密切配合終于消滅了外星侵略者。

安德森和勝希達博士研制的R型炸彈終于被造好了并被運往現場，金古橋被古橋在神秘奧特曼的幫助下毀掉了，而雲博和團也跑過來和大家團聚，衆人卻不再追問團說了一半的話是什麼？就這樣不了了之，而是發出感慨，發射信号彈或者探測彈時要注意不能選擇有生命的星球。