宇宙觀測站發來消息，他們探測到一顆類似小行星的物體正向地球飛來，雖說小行星在進入大氣層時會被燒毀，但是為了以防萬一桐山隊長派古橋，天成、雲铮和團四人駕駛飛鷹1号前去偵察。他們在空中發現一個正在飛行的島，正要避開時，島上發出一道光線把飛鷹1号吸了進去，飛鷹1号迫降在島上，強烈的震動把古橋四人都震暈了。等到四個人都醒過來，發現他們居然看得到富士山，就以為自己在地球上，可是地上的岩石卻表明這裡并不是地球。和基地聯系，整個島被強力磁場包圍着，根本無法通訊。不遠處有幾幢奇怪的建築，古橋他們決定進去看看。他們來到建築前，那門關得死死的，根本打不開。可是他們離開幾步時，那門卻自己開了（這門比銀行金庫的門還厚）。古橋他們走了進去，裡面有好幾台電子儀器，天成推測這就是控制小島移動的動力中心。這時，門忽然自動關上了。他們想撞開門，古橋把胳膊也撞傷了，但門還是文風不動。為了能出去，古橋和團趴在地上當人樁，天成踩着他倆拆起了門上的電子裝置。基地方面，由于小島的逐步接近，島上的磁場幹擾到了基地，所有的設備全部陷入癱瘓，就連奧特飛鷹也無法發射。隊長隻能駕駛獵犬号外出巡查。半途中，獵犬号被一堵看不見的牆擋住了，雖然使用爬升功能，仍然無法過去。桐山隊長下車向前方扔了一塊石頭，石頭被彈了回來；又發射激光，激光也被發射了。是電磁屏障，隊長帶着索加和安奴回到基地，和真波參謀商量認為小行星是一種炸彈，是來摧毀防衛軍的，于是決定用導彈炸毀小行星。小行星上，天成還在忙碌，可是底下的古橋和團有些撐不住了。團告訴古橋，小行星有可能是定時炸彈，總部之所以遲遲沒有發動進攻是因為他們還在上面。古橋連聲催天成：“被自己的炮彈當靶子打，怎麼說也太慘了。”正說着，門開了，三人跌跌撞撞地回到飛鷹1号，卻發現飛鷹發動不起來。團決定返回炸掉那幾個建築，出去時，怪獸力加出現了。古橋和天成離開飛鷹對怪獸展開攻擊，力加不停地前進，把飛鷹1号也撞毀了。雲铮為了拖延時間放出膠囊怪獸阿基拉。阿基拉撲上去撕咬，一時拖住了力加，雲铮乘機在動力室裡暗上了定時炸彈。随着動力室的爆炸，小島的電磁波幹擾也消失了。作戰室的屏幕上顯示出小島上的情形，和古橋取得聯系後，桐山隊長等人立刻駕駛飛鷹3号趕去營救，真波參謀下令暫停發射導彈。阿基拉眼看就要被打倒，雲铮收了回來，自己變成雲山，用頭标砍下了力加的頭。可是怪獸的眼鏡依然在眨，小島還在移動，雲山舉起怪獸的腦袋向宇宙飛去。小島就要爆炸了，桐山他們在遍尋團不着的情況下，登上飛鷹3号飛離小島，雲山在空中擊毀了怪獸的腦袋，小島也随之爆炸粉碎