時光飛逝，歲月流轉，距林林化作巨樹封印土魔獸已過了整整十年。十年間，由于地脈靈氣井被林林所化巨樹占據，地脈靈氣和罡氣溢出速度變緩，與桃源村村民修煉消耗靈氣的速度達到一個暫時的平衡，使得桃樹林的面積不在擴大。因這裡多出許多參天大樹，漸漸被人們稱為“神木林”，最大的一棵巨樹被稱為“巨木神樹”。

素靈一直待在桃源村，教村民修習“五蘊桃花訣”。青靈則帶着靈月、林念祖和林念玉回到青雲觀修行，臨走前給素靈留下一個“桃源秘藥”的藥方，利用陰陣中的藥草和雨陣中的美酒做出靈藥，加入桃源村村民凝結出的果實做藥引，可以讓人族化為桃樹妖，不過必須得化妖之人心甘情願，否則便會失敗。槐樹妖老三終于恢複了靈識，正式化形，林雷給他取名林震。二人搬離了桃源村，住在林林所化巨木神樹的樹洞之中。林雷以“天雷鍛體術”為基礎，結合當初與重樓對戰的經驗，自創功法“九天禦雷決”，并将功法傳授給了林震和所收弟子們，偶爾素靈也會過來教給林震等人一些術法，畢竟林雷的弟子也是桃源村村民。林震似乎很崇拜素靈，視其為自己修煉的目标，所以當林雷發現林震凝結的本命法器也是柄木劍而非棍棒時，滿心全是無奈，素靈卻很高興，還教了林震許多禦劍法術。

韓珏因為沒有修仙的資質，當初隻随青靈學習了醫術後便外出遊曆，後來定居在白河村，并在那裡娶妻生子，兒子從小跟他學習醫術，現在已是小有所成。靈月在青雲觀修行了一段時間後開始下山遊曆，尋找自創功法的機緣。林念玉見師姐下山，就對師父青靈一陣軟磨硬泡，最後得到首肯，能和靈月一起下山，林念祖則留在青雲觀繼續修煉青雲決。

她們先是走到了桃源村，拜見了素靈和林雷。林雷得知靈月和林念玉正在遊曆途中，表示正好林震修煉術法有段時間了，也需外出見見世面，便讓林震和她們同行。臨行時，因林震素愛飲酒，林雷将雨陣中的“酒葫蘆”交給林震，并告誡他不要去蜀山境内。

林震自号“木道人”，雖說按輩分是靈月和林念玉的叔叔輩，但一來林震是妖族，其實對輩分并不在意，二來靈月開始修煉青雲決時，林震還未化形，所以她也無法完全視林震為長輩。三人遊曆了許多地方，途中與人族和妖族都有過交手，也結交了幾個知心朋友。隻是林震聽從林雷的告誡，一直未帶靈月她們去蜀山附近。最後三人在海外發現了一座靈氣聚集的島嶼，靈月似有所感，決定在此修煉，以求能成功自創功法。林震留下幫她一起修建住所，還将這個海島命名為仙靈島。林念玉則開始了自己一個人的遊曆旅程。

幾個月後，林震和靈月收到素靈傳信，讓他們速速趕回桃源村。二人不知出了何事，急忙飛回桃樹林，發現青靈與林念祖也已趕到。原來，林念玉獨自一人離開仙靈島後，去了自己一直想去的蜀山境内，遇到了正探尋先祖巴蜀大盜李寒空事迹的李三思。兩人結伴同行，同甘共苦，終于日久生情，李三思打算向林念玉的家人提親。林念玉傳信給師父青靈，并告知師父自己一直未和李三思提起過自己是修行者之事。青靈與素靈、林雷商量過後，傳信給林念玉，讓她帶李三思到江南的一個小鎮尋親。青靈則和林念祖、月靈、林震提前到小鎮大肆購買田産，建造屋舍。待林念玉和李三思來到小鎮後，青靈自稱是林念玉的寡母，并以自家乃江南富商、武林世家，與李三思門不當戶不對為由，拒絕了李三思的提親。李三思無奈，隻得找師父景天出馬替他再次提親。鑒于景天前世曾經擁有的青雲派弟子身份，青靈最終還是答應将林念玉嫁于李三思。林念玉和李三思婚後結伴行走江湖，好不快意。

白雲蒼狗，滄海桑田。時間一晃而逝，轉眼間，又是十九年過去了。這天，苗疆境内的白苗人和黑苗人全都歡天喜地，喜笑顔開。因為白苗族的大祭司今天要嫁給黑苗族的王子，自此白苗黑苗兩族人成為一家，不會再有苗人因族人間的戰争而妻離子散、家破人亡。

大理境内神樹林巨木神樹下，一個身穿青色道袍的美貌女子就地閉目打坐。離她不遠的桃樹林邊緣，一對做道士打扮的男女正看着這裡相互交談。道士言道：“青靈姐又來看大哥了。”道姑回道：“是啊，每年這個時候師父都要來木靈師伯這裡打坐。”二人對視一眼，齊聲歎了口氣，這二人正是林震和靈月。林震轉身看着靈月道：“你朋友今日大婚，你不去看看她嗎？”靈月聞言又是一聲歎息：“黑苗王子絕非青兒良配，她是為了族人犧牲自己。今天我就不過去了，去了也隻是徒增煩惱，隻盼那個黑苗王子将來能好好待青兒。”

靈月在仙靈島參悟十年，終于成功自創功法“水月心決”。回到青雲觀，青靈想讓靈月繼承掌門之位，但靈月拒絕，說自己想在仙靈島建一個能收留世間可憐女子的門派。青靈無奈隻得答應，後來靈月回到仙靈島，将住所改為水月宮，自己開始四處遊曆，尋機收徒，人稱“水月宮主”。白苗族大祭司林青兒就是她遊曆途中結交的好友。