時隔九年，黑色組織早已成為過去，哀成功研制出了解除APTX4869凍齡效果的藥物，少年偵探團五人順利升上了初三。最近，哀有些心神不甯，将這一切看在眼裡的步美很擔心，盡管她不知道到底發生了什麼，但她知道，她想要哀開心。柯南得知解藥取得了重大進展，沉浸在即将和蘭正式重逢喜悅中，可哀内心卻五味雜陳，這麼多年過去了，她快分不清自己是誰了。是......灰原哀？還是......宮野志保？又或者......