神祖諱晅，字景耀，太祖武皇帝孫，孝愍太子子也。母穆皇後張氏。帝生而神異，姿貌端華，眉目如畫，見者以為天人。帝時年五歲，冊為太孫，執圭見臣僚，進止不失尺寸。高祖奇之，常置膝前，曰：“此吾家千裡駒也。”

永和十二年，孝愍太子遭讒見廢，帝年十二，亡于北燕。燕主慕容鳳聞其貌美，欲納為嬖臣。帝不屈，鳳怒，系以鐵索。然帝容止自若，鳳歎曰："南人風骨，竟至于此！"遂稍禮之。帝雖在羁縻，陰結豪傑，陸清晏、顧子衿等皆潛附焉。

初，燕主慕容鳳掠帝入宮，逼幸之。帝以計含容之，遂得出鎮平陽。在郡勵精圖治，勸課農桑，陰養死士，潛圖克複。時晉主雲亮昏暴，猜忌功臣，下顧子衿于廷尉。帝聞之，密與子衿謀，僞作内讧，誘燕南寇。慕容鳳果中計，舉兵南下，大敗于郢州。帝佯迎鳳入營，手刃之，持其首入燕京，萬民箪食相迎。複與陸清晏合兵，一夕而定燕都。

既平北土，帝乃昭告天下，自陳身世，誓師南伐。晉主亮面縛輿榇而降。帝棄大軍星夜入建康，首赴廷尉，親釋子衿，抱其身泣曰：“君受南冠之辱，贊朕大事，君之功名，當書之竹帛。”遂正大位，改元至公。是日，有白虹貫日，太史奏曰："此聖主出之兆也。"帝時年十七，臨軒受玺，容止可觀，百僚莫不傾心。

帝踐祚之初，夙夜憂勤。時江東豪族僭侈，奴役黔首，帝與清晏謀，欲革積弊。然世家盤踞，根深蒂固，大将軍顧子佩遂舉兵反。帝曰："朕聞'芳蘭當門，不得不鋤'，然百姓何辜？"遂密令縱叛軍入建康，待其肆虐而後讨之。都中死者數萬，流血漂杵。事平，帝素服哭于市，民皆感泣。帝遂頒善政十二，得黎庶心。

初，帝在燕庭，嘗私謂近臣曰："天下者，非一人之天下，乃天下人之天下。君為客，民為主，此三代之正道也。"及鎮平陽，輕徭薄賦，與民休息，百姓感戴。然時晉室昏亂，豪強兼并，帝歎曰："欲行王道，必先破霸道。"遂用非常之謀。

至公八年，丞相蕭桓擅權，誣太子。子衿素與蕭桓善，帝隐忍不發，子衿僞作太子手谕事洩，上陽王琛挺身代罪，帝杖之丹墀。四月，帝将讨蕭桓，先誘子衿入宮，欲羁縻之。子衿知帝意，不往。

蕭桓既誅，帝以子衿忤旨、附逆等二十罪，賜死。死之日，帝與子衿訣，嘔血數升。

五月，上陽王琛薨。帝不行大斂，盛以小棺，葬之于南郊。時人莫敢谏者。